La Commissione nazionale è composta da un numero di membri pari a quello delle scuole iscritte nel Karate di Okinawa CSEN. Ogni scuola iscritta sceglie il proprio rappresentante all'interno della Commissione nazionale. Il Presidente della commissione è il Referente nazionale. 

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Compito della Commissione nazionale  è quello di far si che ogni scuola possa esprimersi, secondo principi democratici, partecipando così di fatto alla gestione dei vari progetti.